De acuerdo con la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Nayarit, la Secretaría Para la Honestidad y Buena Gobernanza está encargada del control y la evaluación de la gestión pública de las dependencias, órganos desconcentrados y entidades paraestatales del Gobierno de la Ciudad.

Por ello, la Secretaría para la Honestidad y Buena Gobernanza se encarga de planear, organizar y coordinar el Sistema de Control y Evaluación del Gobierno del Estado.

Así mismo:

Fiscaliza e inspecciona los ingresos del Gobierno y verifica que cumplan con lo establecido en el Código Financiero para Nayarit. Supervisa el ejercicio del Gasto Público para que corresponda con lo señalado en el presupuesto de egresos. En este sentido, emite normas que regulen el funcionamiento de los instrumentos y procedimientos de Control de la Administración Pública. Desarrolla una labor preventiva con base en la asesoría de las dependencias y en el diseño de un mejor Marco Normativo.

Establece las bases generales para la realización de auditorías y llevarlas a cabo en dependencias, órganos desconcentrados y entidades paraestatales, para promover la eficiencia de sus operaciones y verificar el cumplimiento de sus programas. Inspecciona y vigila que en la Administración Pública Local se cumpla con las normas y disposiciones en materia de: información, estadística, organización, procedimientos, sistemas de registro y contabilidad, contratación y pago de personal, contratación de servicios, obra pública, adquisiciones, arrendamientos, conservación, uso, destino, afectación, enajenación y baja de bienes muebles e inmuebles, almacenes y demás activos. En materia legal, elabora opiniones, previamente a su expedición, sobre la viabilidad y legalidad de los proyectos de normas de contabilidad gubernamental y de control en materia de programación, presupuestación, administración de recursos, que elaboren las dependencias, así como en lo que toca a contratación de deuda y manejo de fondos y valores que formule la Secretaría de Finanzas.

Para garantizar la honestidad y transparencia en el uso de los recursos, lleva el registro de los servidores públicos sancionados en la administración pública del estado, así como de los proveedores y contratistas inhabilitados para participar en licitaciones públicas, invitaciones restringidas a cuando menos tres participantes y adjudicaciones directas. Por último, establece en coordinación con la Oficialía Mayor y la Secretaría de Finanzas, políticas en materia de adquisiciones, arrendamientos, desincorporación de activos, servicios y obra pública de la administración local.